Pegasus Havayolları, 1994 yılından beri kendi filosundaki uçakları uçuran pilotların gerek temel, gerekse tazeleme eğitimlerini kendi bünyesinde kurduğu ve Türk Sivil Havacılığı Genel Müdürlüğü'nce yetkilendirilmiş eğitim bölümünde görev yapan kendi uçuş öğretmenleri tarafından vermektedir.

Ayrıca 17 yıllık birikimiyle, hem Boeing 737-300/800 uçaklarını uçuran şirketlere, hem de bu uçakların sertifikalarını almak isteyen Türk ve JAR lisanslı pilotlara bireysel olarak eğitimler vermektedir. Bunlara ilave olarak öğretmen pilot kiralanması ve performans hesaplamaları konusundaki talepler değerlendirilmektedir.

Şirketimiz pilot eğitimini bitirmiş (JAA veya Türk lisanslı); CPL/IR ve Frozen ATPL eğitimini bitirmiş, geçerli medikal belgesi olan pilotların başvuruları kabul etmektedir. Başvuran pilotların, CPL eğitimlerini, yurtiçi ya da yurtdışı uçuş okullarından birinde tamamlamış olmaları gerekmektedir.